Деактивация разделов, которых нет в МС

Если у Вас настроена синхронизация по древу разделов, и на сайте помимо разделов, которые синхронизировались с МойСклад есть еще старые разделы, которые были до синхронизации - они будут деактивироватся. Чтобы этого не происходило, нужно выбрать настройку "не трогать"